После продолжительного согласования различных юридических и финансовых норм и урегулирования межведомственных отношений окончательная редакция Положения о Русском музее была подписана Николаем II 14 февраля 1897 и 26 марта была представлена правительствующему Сенату. 3 мая 1897 года был принят Указ «Об утверждении Положения о Русском музее императора Александра III». Этот документ оставался основополагающим в деятельности музея до 1917 года.

В Положении о музее отмечалось: «Музей основан в память незабвенного покровителя русского искусства, императора Александра III, имея целью соединить все, относящееся к его личности и истории его царствования, и представить ясное понятие о художественном и культурном состоянии России». Положение о музее регулировало вопросы управления музеем, его структуру, пополнение художественных коллекций, хранение и пр.

Русский музей находился в ведении Министерства императорского двора, под главным управлением президента Академии художеств, в непосредственном заведовании Августейшего управляющего, в функции которого входили «попечение о развитии, пополнении и благоустройстве Музея», а также председательство в Совете хранителей.

«…Хранители производят все текущие дела, касающиеся вопросов о пополнении, хранении и распределении предметов собрания, приготовляют к докладу Совету все крупные и важные вопросы по этой отрасли и приводят в исполнение все намеченные, разрешенные Советом и утвержденные Августейшим управляющим задачи. – Заботятся о составлении каталогов имеющихся собраний».

Структура Музея состояла из трех отделов:

• отдел посвященный специально памяти Александра III
• художественный отдел
• этнографический и художественно-промышленный отдел.