Указ начинался словами: «Незабвенный Родитель Наш, в мудрой заботливости о развитии и процветании отечественного искусства, предуказал необходимость образования в С.-Петербурге обширного Музея, в коем были бы сосредоточены выдающиеся произведения русской живописи и ваяния… В музее этом должна быть, прежде всего, отведена подобающая важному ея значению часть, посвященная памяти и жизни и Царственных трудах Родителя нашего. С тем вместе и впредь до составления этнографических и исторических коллекций, подлежит немедленному устройству художественный отдел Музея, долженствующий обнимать собрание картин и статуй лучших русских художников, в том числе картины, приобретенные для Музея в Бозе почившим Императором.»

Управляющим Музеем предполагалось назначать одного из членов Императорского дома. Первым в этой должности был утвержден великий князь Георгий Михайлович.

После продолжительного согласования различных юридических и финансовых норм и урегулирования межведомственных отношений окончательная редакция Положения о Русском музее была подписана Николаем II 14 февраля 1897 и 26 марта была представлена правительствующему Сенату. 3 мая 1897 года был принят Указ «Об утверждении Положения о Русском музее императора Александра III». Этот документ оставался основополагающим в деятельности музея до 1917 года.

В Положении о музее отмечалось: «Музей основан в память незабвенного покровителя русского искусства, императора Александра III, имея целью соединить все, относящееся к его личности и истории его царствования, и представить ясное понятие о художественном и культурном состоянии России». Положение о музее регулировало вопросы управления музеем, его структуру, пополнение художественных коллекций, хранение и пр.

Русский музей находился в ведении Министерства императорского двора, под главным управлением президента Академии художеств, в непосредственном заведовании Августейшего управляющего, в функции которого входили «попечение о развитии, пополнении и благоустройстве Музея», а также председательство в Совете хранителей.

«…Хранители производят все текущие дела, касающиеся вопросов о пополнении, хранении и распределении предметов собрания, приготовляют к докладу Совету все крупные и важные вопросы по этой отрасли и приводят в исполнение все намеченные, разрешенные Советом и утвержденные Августейшим управляющим задачи. – Заботятся о составлении каталогов имеющихся собраний»

В августе 1897 года был утвержден штат музея, предполагавший двух хранителей, секретаря управляющего музеем (сам Августейший управляющий назначался без содержания), одного делопроизводителя и двух канцелярских чиновников. Ежегодные расходы на их содержание, а также содержание служителей, на производство ремонтных и строительных работ, хозяйственные нужды, освещение и отопление, содержание сада и др. в целом составляли 75 тысяч рублей. На приобретение и дополнение коллекций было выделено 30 тысяч рублей.

У истоков музея стояли люди хорошо образованные, зачастую окончившие не одно высшее учебное заведение — ученые, искусствоведы, историки, этнографы, археологи, архитекторы: Д. И. Толстой (назначенный в 1901 году на должность Товарища Управляющего Русским Музеем), А. Н. Бенуа, П. А. Брюллов, П. И. Нерадовский, Н. П. Сычев, П. И. Столпянский, М. П. Боткин, А. А. Миллер, Н. Н. Пунин и многие другие. Образовательный ценз сотрудника Русского музея был очень высок, поэтому кандидатура каждого вновь поступающего на работу серьезно обсуждалась — это был своего рода конкурс. В одной из объяснительных записок к проекту Положения о музее сказано: «... при организации Музея нужно иметь в виду непременное требование, чтобы служба в таком чудном учреждении почиталась величайшей честью, и чтобы к ней стремились именно из-за чести быть причастным к музею».

Структура Музея состояла из трех отделов:

- отдел посвященный специально памяти Александра III

- художественный отдел

- этнографический и художественно-промышленный отдел

Первоначальное собрание живописи, скульптуры, графики и прикладного искусства насчитывало всего около полутора тысяч произведений; коллекция христианских древностей содержала примерно 5000 экспонатов (для сравнения – на сегодняшний день коллекция Русского музея насчитывает около 450 000 экспонатов).

Из Эрмитажа и Зимнего дворца поступила практически полностью галерея картин российских живописцев, часть собрания рисунков и акварелей, скульптура. Живопись и скульптура академической школы, акварели, рисунки, гравюры и картоны были переданы Музеем Академии художеств. Полностью передала Академия и свой Музей христианских древностей, учрежденный в 1858 году и хранивший очень ценные памятники, в том числе и происходящие из Новгорода – иконы, деревянную скульптуру, древние и средневековые произведения прикладного, в основном церковного, искусства. Коллекция князя Алексея Лобанова-Ростовского (1824 – 1896), в которой наибольший интерес представляли портреты государственных деятелей России XVIII – первой половины XIX века, была приобретена императором у наследников владельца и передана в дар Русскому музею. Значительная часть крупнейшей коллекции акварелей и рисунков русских художников, собранная и систематизированная при помощи художника и искусствоведа Александра Бенуа, была подарена музею княгиней Марией Тенишевой.

И наконец, весомым вкладом стала личная коллекция императора Александра III из Царскосельского Александровского дворца (позднее поступили вещи, хранившиеся в Аничковом дворце).

Дальнейшее пополнение предполагалось посредством покупки на ассигнованные на это средства, а также в виде пожертвований. Для пополнения художественных коллекций Императорская Академия художеств должна была выбирать на выставках художественные произведения, достойные, по ее мнению, помещения в Музей. Выбор Академии утверждал Управляющий Музеем.

Приобретаемые таким образом произведения художников, находящихся в живых, подлежали помещению на 5 лет в Музей Императорской Академии художеств и только по истечению этого срока могли быть окончательно переведены в Русский музей (хотя бывали и исключения.)

Жертвуемые произведения искусства могли быть приняты в Музей лишь по одобрению их Императорской Академией художеств и с утверждения Управляющего Музеем.

Предметы, помещенные в Музей и составляющие его собственность, не могли отчуждаться или передаваться в другие учреждения за исключением дубликатов.

В июле 1897 года встал вопрос о запечатлении коллекции для изданий с целью документирования. На первом заседании Совета музея было решено: «Фотографировать сейчас же каждую входящую в Русский музей картину, вообще всякий предмет собрания». Фактически же съемки начались значительно раньше, в конце 1896 – начале 1897 года и проводились «под наблюдением приглашенного специалиста А.К. Ержемского». Известный петербургский художник с января 1897 года не только исполнял обязанности фотографа, но и стал организатором «Собственной фотографии» - «Фотографической лаборатории» музея. Благодаря его инициативе к концу 1898 года из Берлина вышлют фотографическую аппаратуру и фотографические принадлежности для изготовления качественных снимков, в том числе «больших форматов с наиболее любимых публикой картин».

Работы по реконструкции Михайловского дворца для устройства в нем музея были поручены архитектору В.Ф.Свиньину. Они обошлись в 540 000 рублей и заняли два с половиной года. 28 февраля 1898 года Комиссия произвела генеральный осмотр всех работ и нашла их «удовлетворительными и во всем согласными с целями музея». После торжественного открытия Русского музея 7 марта 1898 года В.Ф.Свиньин за труды был удостоен звания архитектора Высочайшего двора.

7 марта 1898 года, перед первыми посетителями открылись двери первого в России государственного музея национального изобразительного искусства. Первая экспозиция, представшая перед глазами посетителей в 1898 году, не носила научного, исторически обоснованного характера. Об этом свидетельствует в своих воспоминаниях Александр Бенуа: «Большинство тех художественных произведений, которые составили ядро музея и которые при открытии его уже находились в его стенах, были переданы из Эрмитажа, Академии художеств и царских резиденций, но, кроме того, сюда вошли и «высочайшие приобретения», сделанные за последние пятнадцать-двадцать лет с нарочитой целью их помещения в имеющим образоваться хранилище национального искусства. К ним принадлежали исполинские картины: «Фрина» Семирадского, «Русалка» и «Поцелуйный обряд» Константина Маковского, «Грешница» Поленова, «Ермак» Сурикова. Эти картины заняли три четверти стен наибольшего просветного зала (того, где прежде был театр), и в той зале пришлось разместить несколько исключительных по своему значению или по своей привлекательности для публики произведений, как картины Репина «Садко», «Св. Николай», «Запорожцы», Васнецова «Парижские балаганы» и «Перенесение ковра» Маковского, и др. Все это составляло очень внушительное целое, и наши патриоты уже считали, что преимущество русской школы живописи здесь безусловно доказано. На самом же деле многие из этих картин вредили друг дружке, и все вместе производило впечатление чего-то пестрого и не очень утешительного».

В самом красивом зале, бывшей Белой гостиной, размещались экспонаты отдела Памяти императора Александра III. На стенах, обтянутых зеленым бархатом, были развешаны 70 серебряных блюд, на которых в разные годы приносили хлеб соль императору и императрице, там же поместили бюсты императора и императрицы работы скульптора М.М. Антокольского. В соседнем зале были представлены портреты императора Александра III и императрицы Марии Федоровны кисти художника И.Н. Крамского, а также картины, связанные с жизнью императора. Отдел просуществовал до 1917 года. Позднее, его экспонаты вошли во вновь организованный в 1918 году Историко-бытовой отдела Русского музея. Уже первым своим посетителям музей предлагал иллюстрированные каталоги и путеводитель, а также фотографии как отдельных произведений, так и «видовые».

Согласно отчету 1898 года, за 10 месяцев открытия Музея число посетителей составило 119.129 человек, число оконченных и неоконченных копий 330, число проданных каталогов 9754 экз. и фотографий 4535 шт., что давало «наглядное представление о том, насколько Русский Музей Императора Александра III охотно посещается».