Позднее много работал как педагог, в том числе в Институте пролетарских изобразительных искусств (бывший Высший художественно-технический институт, ВХУТЕИН) в Ленинграде (1930–1932). Уже в 1930-е продемонстрировал незаурядное живописное дарование и тонкий эстетический такт, создавая пейзажи и типажные портреты, привлекавшие ярким местным колоритом. Завоевал известность в первую очередь «киргизской колхозной сюитой». Жанровые картины и пейзажи, посвящённые людям и природе Киргизии, Индии (триптих «О простых людях Индии», 1957–1960). После путешествий в Индию, Италию (1956, 1963), создавал прекрасные образы этих стран, редкие по колориту пейзажи. Издал три книги путевых и мемуарных очерков: Образы Индии (1956), Заметки художника (1962), Итальянский дневник (1966).

Был одним из создателей и председателем правления Союза художников Киргизской ССР (1933–1937, 1941–1943). В 1934 по его инициативе в г. Фрунзе (бывший Пишпек, ныне Бишкек) была открыта первая в республике картинная галерея (ныне Кыргызский национальный музей изобразительных искусств им. Г. Айтиева). Вскоре организовал при ней и школу-студию, в 1939 получившую статус Художественного училища, носящее сегодня его имя.  Создал значительные исторические и жанровые композиции, портреты, пейзажи. Выдающиеся творческие достижения С. Чуйкова принесли признание в Кыргызстане и за рубежом.

.