Не встретив признания среди преподавателей, Клевер был исключен из Академии. Однако представленные им собственные работы в Императорских залах ОПХ были с восторгом приняты. Картину «Заброшенное кладбище зимой» пожелал приобрести граф П. С. Строганов, один из самых влиятельных членов Общества, а другую «Закат» приобрела великая княгиня Мария Николаевна, глава Академии художеств. Через два года 24-летний художник организует свою персональную выставку (такой чести в тот период удостаивались самые известные и заслуженные мастера), получает премии ОПХ за картины «Запущенный парк», «Первый снег на вспаханном поле». Вторая персональная выставка принесла признание и славу художнику. Иметь пейзаж кисти Клевера стало модой и признаком хорошего вкуса. Событием, во многом определившим дальнейшую судьбу художника, стала покупка императором Александром III картины «Березовый лес», после чего Клеверу было присвоено звание классного художника первой степени. Звание академика он удостаивается в 28 лет за картину «Старый парк», экспонировавшуюся на Всемирной выставке в Париже в 1878 (среди главных экспонатов выставки были уникальные изобретения, к примеру, телефон Александра Белла, мегафон и фонограф Томаса Эдисона).
В 1880 художник получает звание профессора и кафедру в Академии художеств. В 1880–1890-е в его мастерской работают помощники (Николай Оболенский, Фёдор Ризниченко, Карл Розен и др.), прорисовывающие промежуточные слои картины по авторскому подмалевку. Работы, написанные таким образом, сегодня получили название «клеверки». С 1890 по 1897 Клевер живет в Германии, где получает признание и среди местной публики. После революции художник возвращается в Петроград (Ленинград), преподает в Академии художеств, а затем заведует кафедрой монументальной живописи в Ленинградском высшем художественно-промышленном училище имени В. М. Мухиной. Он – основатель целой династии живописцев, помимо его младшего брата Константина, учителем которого он был, художниками стали его дочь Мария и два сына — Юлий и Оскар.