Первые художественные навыки получил в семье. Учился в МУЖВЗ (1861–1866) у Е. С. Сорокина и С. К. Зарянко. В 1866 за картину „Литературное чтение“ был награжден большой серебряной медалью 3-й степени. В 1869 за картину „Крестьянские мальчики стерегут лошадей“ (картина неоднократно повторялась художником, вариант под названием „Ночное“ (1879) находится в ГРМ) был награжден ИАХ золотой медалью М.-Л.-Е. Виже-Лебрен — за экспрессию и получил звание классного художника 1-й степени. В 1873 за картину „Любители соловьев“ (1872–1873) был удостоен звания академика. Жил в Москве, с 1894 года — в Санкт-Петербурге. В первой половине 1870-х имел собственную литографскую мастерскую. С 1884 под руководством Л. М. Жемчужникова занимался офортом. В 1870-х участвовал в росписи храма Христа Спасителя в Москве. В 1888–1889 создал эскизы росписи для храма во имя Христа Спасителя Преславного Преображения на станции Борки (под Харьковом) на месте крушения поезда Александра III.

В 1871–1872 посетил ряд музеев в странах Западной Европы. В 1880-е неоднократно бывал на Украине, жил в имении Масловых в Орловской губернии, в 1890 был в Тифлисе, в 1891 — в Крыму и на Кавказе, выезжал в Финляндию, где имел собственную дачу. В 1909 ездил во Францию, работал в основном в Нормандии.

В 1885 награжден высшей почетной наградой на Всемирной выставке в Антверпене; в 1897 — малой золотой медалью на Международной выставке в Мюнхене.

Преподавал в МУЖВЗ (1882–1894). В 1892 получил звание профессора. Действительный член ИАХ (с1893). Профессор-руководитель мастерской жанровой живописи ВХУ (1894–1918). В 1895–1896 — ректор ВХУ. Входил в наблюдательный комитет, ведающий педагогическими курсами при ИАХ, готовящими учителей рисования (до 1911); участвовал в работе комиссий по составлению новых проектов устава Казанской художественной школы, комиссии по покупке картин с выставок в Санкт-Петербурге для Русского музея и музеев провинции.

Член ТПХВ (с 1872), почетный член МОЛХ (с 1898), один из учредителей Общества Куинджи (1909).

Участник выставок: ИАХ (с 1864); ТПХВ (1872–1918, с перерывами); МОЛХ (с 1881); всероссийских (Москва, 1882; Нижний Новгород, 1896); ОРА (Санкт-Петербург, 1885); ПОХ (1896, 1897); многих международных (Лондон, 1872; Вена, 1873; Париж, 1878, 1889; Берлин, 1886; Чикаго, 1893; Мюнхен, 1895, 1897 и других), а также персональной (Санкт-Петербург, 1902). // Художники Маковские. СПб, 2008. С. 25.

<...> Главным подтверждением того, что в семье Маковских царила необыкновенно демократичная, широкая, свободная духовная атмосфера, является факт рождения в ней двух творческих антиподов — Константина и Владимира. Попав в самый центр полемики между академическим и реалистическим направлениями, захватившей русское искусство во второй половине XIX столетия, оба они оказались, образно выражаясь, по разные стороны „баррикад“. Их раннее творчество, связанное с влиянием школы Тропинина, и последующее увлечение обоих бытовым жанром выдавало, казалось бы, родственные по духу натуры.  П. Ю. Климов. В КРУГУ СЕМЬИ И МУЗ // Художники Маковские. СПб, 2008. С. 7-8.

<...> Владимир, являясь по характеру противоположностью своему брату, тоже был натурой артистичной и по-своему открытой. Однако эта открытость была обращена к узкому кругу единомышленников, <...>. К людям, не входившим в его самое близкое окружение, он относился с холодной сдержанностью, делая исключение лишь для некоторых своих учеников в Московском училище, а затем в Императорской Академии. С годами в характере Владимира развились нетерпимость, неприятие нового, что отталкивало от него молодое поколение. Когда Михаил Нестеров писал после реформы Академии, что в ней „воцарилась шайка передвижников“ (Нестеров В. В. Письма. Избранное. Л., 1988. С. 130), он имел в виду, прежде всего, Владимира Маковского, ставшего ее новым ректором.

Как и Константин, Владимир со временем оказался близок к Императорскому Двору, но, пожалуй, более как чиновник, чем как художник. Ему хотелось и нравилось служить, быть „превосходительством“ и строгим наставником, заседать в многочисленных советах и комиссиях, иметь казенную квартиру при Академии, но своим товарищам и „общественности“ он любил демонстрировать верность демократическим идеалам. Владимир Егорович отказывался носить казенный мундир и время от времени критически откликался в своих произведениях на острополитические события. Высокое начальство смотрело на это довольно спокойно и прощало заслуженному художнику его либеральную „фронду“, которая была характерна для тогдашней служилой интеллигенции, умудрявшейся сидеть „на двух стульях“ сразу.

Как и Константин, Владимир достиг в своей жизни многого, но ценой, которую он за это заплатил, было постепенное „выпадение“ из текущей культурной жизни, самоповторы, художественный консерватизм. Будучи профессором Академии, воспитателем молодежи, он с яростью, по словам Александра Бенуа, защищал свои «косные, уже очень откровенно высказываемые „филистерские“ взгляды» (Бенуа А. Н. Мои воспоминания. Указ. соч. С. 49). Иногда в произведениях Маковского проскальзывали свежие нотки, появлялась импрессионистическая широта и легкость, но эти немногочисленные эксперименты так и оставались экспериментами.

Таким образом, творчество Владимира Маковского, проникнутое демократическими чувствами и идеалами, представляется сегодня более значительным, чем его личность. Этот парадокс легко объяснить насыщенной общественной атмосферой эпохи, уместившейся между александровскими реформами и Октябрем 1917. Она бурлила, захватывала, несла… И Владимир Маковский, который в иное время, наверное, писал бы спокойные жанры в духе бидермайера, стал ярким, талантливым выразителем взглядов либеральной интеллигенции. Его небольшие, привлекающие внимание полотна, наполненные правдивыми, интересными типами, проникнуты сочувствием к простому человеку и критикой общественных пороков. Своеобразный живописный эквивалент национальной литературы, переживавшей в ту пору свой наивысший взлет, эти полотна поистине являют собой энциклопедию русской жизни. Там же. С. 8-9.