В 1988 году решением Комиссии по аттестации реставраторов Министерства культуры СССР Е.Ю. Щукиной присвоена квалификация "художник-реставратор графических произведений высшей категории".

В 1989 году прошла стажировку во Всероссийском художественном научно-реставрационном центре им. академика И.Э. Грабаря.

С 1990 по 2018 годы - заведующая сектором реставрации живописи смешанных техник, который был организован по ее инициативе в структуре Отдела реставрации экспонатов Русского музея. Еще в 1980-х годах особый интерес вызывала у Е.Ю. Щукиной работа с экспонатами, выполненными в нетрадиционных для графики техниках:  миниатюры на кости, живописи темперой и маслом на бумаге и картоне, пастели, смешанной технике, коллажа. Необходимость создания в составе Отдела реставрации специального  подразделения была обусловлена особенностями коллекции музея, насчитывающей множество произведений,  отличающихся по технике исполнения от традиционных схем.  Постепенно сложился высокопрофессиональный коллектив, способный выполнить работу по реставрации произведений, созданных в смешанных живописных техниках любой степени сложности.

С 1991 года - по настоящее время является приглашенным реставратором графики Ново-Валаамского Института реставрации, Финляндия (Valamo Art Conservаtion Institute).

В 1994 году прошла стажировку в рамках обменной программы «Русский музей-музей Метрополитен» (США).

В 1999 году решением Комиссии по аттестации реставраторов Министерства культуры СССР квалификация художника-реставратора высшей категории по графике была подтверждена как "бессрочная".

Среди произведений, отреставрированных Е.Ю.Щукиной, работы таких авторов, как А.Венецианов, А.Орловский, В.Серов, А.Бенуа, Л.Бакст, Н.Рерих, А.Головин, В.Борисов-Мусатов, З.Серебрякова, П.Кузнецов, А.Экстер, М.Шагал, В.Кандинский, К.Малевич, М.Врубель, К.Коровин, К.Маковский, А.Яковлев, В.Шухаев, и другие.

С 1992 по 2004 годы являлась членом комиссии Министерства культуры РФ по аттестации реставраторов графики (до ликвидации комиссии), с 1996 по 2004 – также комиссии по аттестации реставраторов живописи.

В 2008 году совместно с художником-реставратором М.А. Бессмертной выполнила сложную реставрацию музейного предмета "Ладья", созданного И.Б. Рассохиной-Гринчель в 1999 году. (СО-2406).

В 2009 году выполнила сложную реставрацию рисунка Н.А. Бенуа "Фантастический пейзаж с фигурами" (ЖБ-983).

В 2010 году, совместно с художником-реставратором Н.И. Русаковой, завершила сложную реставрацию картины П.Ф. Плешанова "Убиение царевича Дмитрия в Угличе" (Ж-1143).

В 2010-2012 годах параллельно с работой в Русском музее выполнила сложную реставрацию живописи в Агатовых комнатах Царского села совместно с художниками-реставраторами Н.И. Русаковой, И.С. Безсолициным и А.И. Богомоловым.

С 2013 года – член комиссии МК РФ по аттестации реставраторов графических произведений.

Награждена почетным знаком «За достижения в области культуры» Министерства культуры РФ, памятными знаками Государственного Русского музея I-й и  II-й степеней.

В 2011 году совместно с художниками-реставраторами И.С. Безсолициным, А.И. Богомоловым и Н.И. Русаковой выполнила реставрацию 22 большемерных живописных панно К.А.Коровина для павильона "Окраины России" на Всемирной Парижской выставке 1900 г. За что в ноябре 2011 года была удостоена Комитетом по культуре Санкт-Петербурга и Межведомственным музейным советом Петербурга  Специального приза им. И.П. Саутова в номинации «За реставрацию» премии «Музейный Олимп». 

В 2013 году удостоена звания «Заслуженный работник культуры РФ».

В 2014 году, совместно с художником-реставратором А.И. Богомоловым, выполнила сложную реставрацию эскиза  Б.Н. Яковлева "Сражение" (Ж-11444).

В 2015 году Приказом Министерства культуры РФ на основании решения новой государственной Аттестационной комиссии Е.Ю. Щукиной была подтверждена высшая категория художника-реставратора произведений графики.

В 2015 году совместно с художником-реставратором А.И. Богомоловым выполнила сложную реставрацию работы В.А. Серова "Одиссей и Навзикая" (Ж-4298)

В 2016 году совместно с художником-реставратором  Н.И. Русаковой выполнила сложную реставрацию четырех миниатюр из евангелия XVII века - "Евангелист Марк" (ДР/ГР-3), "Ангел. Символ святого Матфея" (ДР/ГР-5) "Евангелист Иоанн Богослов и Прохор" (ДР/ГР-4) и "Лев. Символ святого Марка" (ДР/ГР-7).

В 2017 году выполнила реставрацию работы П.И. Митурича "Портрет ребёнка" (ЖБ-1584), в 2018 году - реставрацию живописной работы М.З. Шагала "Лавка в Витебске" (ЖБ-1517).

С 1 января 2019 года - заведующая отделом реставрации живописи смешанных техник Службы реставрации музейных ценностей Русского музея.

В 2019 году выполнила сложную реставрацию миниатюры "Поклонение волхвов",1340-е гг. (ДР/ГР-8) из Сийского Евангелия.

В 2023-2024 годах участвовала в проекте по реставрации музейных предметов из Таганрогского художественного музея, выполнив сложную реставрацию трех произведений живописи, созданных в смешанной технике.